北原伊织来到伊豆开启大学生活已有数月 ——他寄居在潜水店「碧蓝之海」，和可爱的表妹古手川千纱同住一个屋檐下。表姐古手川奈奈华、成熟风情十足的滨冈梓，还有同班同学吉原爱菜也常聚在此处，本该度过一帆风顺、青春美好的校园日…

约四十年前，人类在火星发现史前文明“Aldnoah”科技。伴随着火星殖民进程与科技垄断主张，火星开拓民与地球之间的摩擦越发扩大。